生态环境部南京环境科学研究所(以下简称“南京所”)成立于1978年，是生态环境部直属公益性科研机构，也是我国最早开展环境保护科研的院所之一。自成立以来，一直以生态保护与农村环境为主要研究方向，致力于前瞻性、战略性、基础性及应用性环境课题的研究。科研范围涵盖生态保护与修复、自然保护与生物多样性、农村环境管理、有毒有害化学品生态效应与污染控制、土壤污染防治、流域生态保护与水污染防治以及固体废物污染防治等7个领域，22个研究方向。依托相关研究成果，我所还在生态环境保护规划、有机产品认证咨询、农用化学品环境安全评估、污染场地修复及环境工程等方面开展了广泛的技术咨询工作。
南京所现有在职职工444人，其中中国工程院院士1名、高级职称117人、博士130人，形成了一支以知名专家为引领、各领域科研骨干为依托、青壮年科技人员为主体的创新人才队伍。南京所占地3.06公顷、建筑面积2.67万平方米。已建成国家环境保护农药环境评价与污染控制、国家环境保护生物安全、国家环境保护土壤环境管理与污染控制三个部级重点实验室，装备了国内一流的仪器设备千余台(套)。
建所四十年来，共完成大、中型项目千余项，在国内外重要学术期刊上发表论文2200余篇，出版专著110余部，获得国家发明和实用新型专利400余项，获国家和省部级科技进步奖50余项，“十二五”以来，全所共主持制订并由国家相关部委颁布实施了140项国家环境保护标准、技术规范、技术政策等，为国家环境管理决策提供了有力的科技支撑，为各地的生态建设和污染防治提供了全方位的技术支持和服务。
南京所主办的《生态与农村环境学报》(月刊)系生态环境部主管，与中国环境科学学会联合主办，学术影响一直在我国环境保护领域期刊中名列前茅。
南京所与联合国环境署、世界自然保护联盟等10多个国际组织，以及美国、德国、荷兰、挪威等30多个国家开展了广泛的科研项目合作和人员交流。
建所以来，南京所始终遵循“团结、奉献、求实、创新”的所训，积极参与各项国家和地方重大科研项目，已成为我国环境科技界的一支重要力量，为国家环境管理决策提供了有力的科技支撑，为各地的生态建设和污染防治提供了全方位的技术支持和服务。
