改革与快速发展阶段(1998-2008)
森环森保所自成立以来，在继承前人工作的基础上，充分发挥老一辈专家的引领作用以及中青年科技工作者的骨干作用，为研究所更好更快的发展奋力拼博，经过多年的艰苦努力，在学科建设、人才培养、条件建设、国际合作等方面均取得了显著成绩，为研究所的未来发展打下了良好的基础。
森环森保所现有职工163人。其中：离退休职工61人，在职职工102人;有研究员23人，副研究员、高级工程师等42人，中科院院士1人，农工民主党中央委员1人;37人具有博士学位，26人具有硕士学位。博士生导师13人，硕士生导师47人。
森环森保所拥有以生态学、森林保护学、野生动植物保护与利用三个二级学科为主体的学科群。包括森林生态、自然保护区管理、生态系统定位观测、气候变化与森林、森林水文及水资源管理、生态系统管理、生态环境监测与影响评价、森林病理、森林昆虫、生物防治、森林有害生物检疫、森林植物、野生动物保护与管理、鸟类及湿地、森林防火共15个学科组。拥有森林生态环境和森林保护学2个国家林业局重点开放性实验室;5个森林生态定位研究站;中国林科院植物标本库、动物标本库、森林昆虫标本库、森林病害及线虫标本库等4个标本库。拥有全国鸟类环志中心、国家林业局全国野生动植物研究与发展中心、国家林业局生态环境监测总站、国家林业局有害生物检验鉴定中心、中国微生物菌种保藏管理委员会林业微生物中心(含菌库)、防火研究中心、陆地生态系统长期定位研究与管理中心、国家林业局碳汇计量与研究中心、中国林科院环境影响评价中心等9个国家级研发和管理中心。
研究所设有森林生态学、森林保护学、野生动植物保护与利用、林业环境与能源工程等博士、硕士学位授予点和植物学、环境科学硕士授予点。现来所学习的学生达118人，已经超过在职职工。其中：在读博士生47人、硕士生39人，联合培养的学生30人。随着国家需求和学科的发展，森环森保所在职人员和流动科研人员以及来森环森保所学习的研究生还将不断增加。
近年来，在国际合作方面也有了长足发展。十几年来森环森保所已与9个国家、地区和国际组织的著名林业机构建立了合作关系，平均每年接待来所访问、考察和项目合作的国外专家达58人次。
盛世兴林，科教为先。森环森保所求真务实，开拓创新在改革中赢得了快速发展。研究所成立初即根据需要制定了科研管理、经费及财务等一系列管理办法，并结合研究所工作实际进行了必要的修订和充实，逐步建立起了较为完善的规章制度，做到各项管理工作有章可循。
"十五"期间，森环森保所共主持承担了237项科研项目，到(留)所经费近1.5亿元。每年新增项目数始终保持在45-50项，每年新增项目经费为2000万元左右。项目内容广泛涉及森林生态和森林保护两大研究领域的各个方面，协作机构达20多个省(区)60多个科研部门。截至2008年，研究所共验收(或鉴定)各类项目156项。其中获国家科技进步二等奖8项(主持6项，参加2项);省部级科技进步二等奖8项，部级科技进步三等奖6项，梁希奖二等奖1项，三等奖2项。出版学术著作39部;论文696(国外论文57篇，SCI论文40篇)。
经过几十年、几代科学家的努力，森环森保所在森林生态环境与森林保护基础、应用基础研究、战略高技术研究、社会重大公益性研究、技术开发研究和软科学研究工作方面硕果累累，在着重解决我国林业发展和生态建设中带有全局性、综合性、关键性和基础性的重大科技问题等领域中取得了巨大的成绩。特别是在"九五"、"十五"时期，在中国林科院的正确领导下，紧紧围绕国家林业发展战略和实施林业重大工程对科技的需求，取得了多项科技成果，为促进我国自然生态恢复和改善生态环境，建设完备的林业生态体系和发达的林业产业体系，推进林业又快又好的发展做出了重要贡献。
未来发展(2009-2020)
本世纪头二十年是我国发展的重要战略机遇期，森环森保所为主动适应国家林业发展和科学技术发展的新形势、新任务、新要求和国际科技发展趋势，充分发挥国家队在全国林业科学研究领域的引领和骨干作用，通过完善和拓展现有研究方向，强化机构能力与基础条件建设，逐步建立起国际一流的森林生态环境与保护的研究机构和研究体系。以应用基础研究为核心，开展相关领域的基础理论和技术研究，加强专业领域的国家研究基地和研究网络的建设，大力开展科技咨询、服务和技术开发，到2010年，把森环森保所所建成我国森林生态环境与保护领域的国家级核心研究基地、监测评估网络中心、科技咨询与服务中心等;到2020年，成为稳定发展的国际一流研究机构。
